LABORATORUL DE BIOLOGIE CELULARA CSIII – chemist/biochimist Tematica: 1. Lipide membranare 2. Videomicroscopie in timp real (BioStation IM) 3. Gaz-cromatografie 4. Genotiparea animalelor de laborator 5. Fenotipare hematopoietica: pregatirea probelor pentru citometrie in flux Bibliografie: 1. Leabu M, Nechifor MT. Biomembranele, unitate în diversitate, vol. I Editura Medicală Amaltea, 2014. 2. Bioimagistică celulară și moleculară”, Gherghiceanu Mihaela, Ceafalan Laura Cristina, Mandache Eugen, Pop Sevinci, Fertig Emanuel, Ed. Viața Medicală Românească 2013, ISBN 978-973-160-078-9 3. Medvedovici A, Tache F. Noţiuni fundamentale şi mărimi caracteristice în cromatografie, Edit. Universităţii din Bucureşti, 1997. 4. https://www.jax.org/jax-mice-and-services/customer-support/technical-support/genotyping-resources/dna-isolation-protocols# 5. www.stemcell.com/media/files/minireview/MR29068-Hematopoietic_Stem_and_Progenitor_Cells.pdf 6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2640229/

CSIII – biochimist

Tematica 1. Monitorizarea comportamentului celular prin masurarea impedantei electrice 2. Real Time PCR 3. Fenotipare hematopoietica (pregatire probe pentru citometrie in flux) 4. Mecanisme de comunicare celulara 5. Aquaporine Bibliografie 1. Gherghiceanu M,Ceafalan LC, Mandache E, Pop S, Fertig E. (2013) Bioimagistică celulară și moleculară, Ed. Viața Medicală Românească, ISBN 978-973-160-078-9 2. Alberts B, Johnson A, Lewis J, Morgan D, Raff M, Roberts K, Walter P. (2014) Molecular Biology of the Cell, Garland Science, ISBN 978-0-8153-4432-2 3. Verkman AS. (2013) Aquaporins, Curr. Biol. 23, R52–R55.

4. Kitchen P, Day RE, Salman MM, Conner MT, Bill RM, Conner AC. (2015) Beyond water homeostasis: Diverse functional roles of mammalian aquaporins, Biochim. Biophys. Acta 1850, 2410-2421. 5. www.stemcell.com/media/files/minireview/MR29068-Hematopoietic_Stem_and_Progenitor_Cells.pdf 6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2640229/ 7. http://dgap.bu.edu/docs/Patti_Lab_Real-Time_qPCR_pr.pdf 8. http://www.protocol-online.org/prot/Molecular_Biology/PCR/Real-Time_PCR/TaqMan_Real-Time_PCR/

LABORATORUL DE BIOLOGIE MOLECULARĂ

1. Mecanisme genetice fundamentale ale celulelor (structura și funcția ADN, replicarea, repararea și recombinarea ADN, translația si transcripția, controlul expresiei genice).

2. Metode de manipulare a ADN, ARN și proteinelor (izolarea celulelor, fracționarea celulelor, izolarea, clonarea și secventierea ADN, analiza structurii și funcției proteinelor, studiul expresiei și funcției genelor).

3. Metode de vizualizare a celulelor (metode microscopice, vizualizarea moleculelor în celule vii).

4. Structura membranelor celulare (bistratul lipidic, proteine membranare, transportul membranar, proprietățile electrice ale membranelor).

5. Compartimentele intracelulare și sortarea proteinelor (compartimentalizarea celulară, transportul moleculelor între nucleu și citosol, transportul proteinelor în mitocondrii, reticulul endoplasmic, peroxizomii).

6. Traficul vezicular intracelular (mecanisme moleculare ale transportului vezicular, transportul de la reticulul endoplasmic la aparatul Golgi, de la rețeaua Trans-Golgi la lizozomi, endocitoza si exocitoza).

7. Conversia energiei în mitocondrii (lanțul de transport al electronilor, sistemele genetice mitocondriale).

8. Semnalizarea celulară (receptori legați de proteina G, receptori legați de enzime, căi de semnalizare reglate de proteoliză).

9. Citoscheletul (structura dinamică a filamentelor citoscheletale, motoare moleculare, ci-toscheletul și comportamentul celular).

10. Ciclul celular, moartea celulară programată și diviziunea celulară (sistemul de control al ciclului celular, apoptoza, controlul extracelular al diviziunii celulare și apoptozei, mito-za, citokineza).

11. Joncțiunile celulare, adeziunea celulară și matricea extracelulară (tipuri de joncțiuni, structura și funcția acestora, adeziunea celulelor, integrinele).

12. Viața și moartea celulelor în diferite țesuturi (sistemul vascular și celulele endoteliale, celulele stem multipotente și regenerarea tisulară, familia celulară a sistemului conjunc-tiv, modularea și regenerarea mușchiului scheletic).

13. Biologia celulară și moleculară neuronală (tipuri de celule, canale ionice, potențialul de membrană, potențialul de acțiune).

14. Transmiterea sinaptică (tipuri de sinapse, integrarea sinaptică in sistemul nervos central, modularea transmiterii sinaptice, neurotransmițătorii).

15. Baza neuronală a cogniției (organizarea sistemului nervos central, organizarea funcțională a percepției și mișcării, reprezentarea internă a spațiului și acțiunii, organizarea cogniției, funcțiile cognitive și sistemele premotorii, imageria funcțională a proceselor cognitive).

16. Rețelele neuronale.

17. Circulația cerebrală.

18. Bariera hemato-encefalică, plexul coroid și lichidul cefalo-rahidian.

BIBLIOGRAFIE

1. Molecular Biology of the Cell. Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, David Morgan, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter, 6th Edition, Garland Science, 2014.

2. Principles of Neural Science. Eric R. Kandel, James H. Schwartz, Thomas M. Jessell, Steven A. Siegelbaum, A.J. Hudspeth, 5th Edition, McGraw-Hill, 2013.

LABORATORUL DE PATOLOGIE ULTRASTRUCTURALA

1. Principii de bază în microscopia electronică - fasciculul de electroni, formarea imaginii

2. Suporturi pentru probe biologice – acoperirea grilelor cu film

3. Colorația negativă – tehnici de preparare și aplicații în biologie

4. Includerea în plastic a probelor – tehnici de preparare și aplicații

5. Acoperirea cu metale grele – tehnici de preparare și aplicații

6. Crio-electrono-microscopie – tehnici de preparare a probelor și aplicații

7. STEM – avantaje și dezavantaje față de microscopia electronică de transmisie, aplicații

8. Electrono-tomografia în biomedicină – principii de bază și procesarea digitală a tomografiilor

9. Microscopia corelațională – tehnici de preparare a probelor și aplicații

10. Procesarea imaginilor de microscopie electronică

Refererințe:

1. Aebi, U., and Baschong, W. (2006) Glycerol Spraying/Low-Angle Rotary Metal Shad-owing, Cell Biology pp. 241–246, Elsevier Inc.

2. Baumeister, W., Grimm, R., and Walz, J. (1999) Electron tomography of molecules and cells. Trends Cell Biol. 9, 81–5

3. Bock, C., Franz, S., Zentgraf, H., and Sommerville, J. (2007) Electron Microscopy of Bi-omolecules.

4. Frank, J. (2005) Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell.

5. Frank, J. (2009) Single-particle reconstruction of biological macromolecules in electron microscopy–30 years. Q. Rev. Biophys.

6. Goldsmith, C. S., and Miller, S. E. (2009) Modern uses of electron microscopy for detec-tion of viruses. Clin. Microbiol. Rev. 22, 552–63.

7. Iancu, C. V, Tivol, W. F., Schooler, J. B., Dias, D. P., Henderson, G. P., Murphy, G. E., Wright, E. R., Li, Z., Yu, Z., Briegel, A., Gan, L., He, Y., and Jensen, G. J. (2006) Electron cryotomography sample preparation using the Vitrobot. Nat. Protoc. 1, 2813–9.

8. Hayat M. A. (2000) Principles and Techniques of Electron Microscopy – Biological Ap-plications, 4th Ed., Cambridge University Press.

9. Kremer, J. R., Mastronarde, D. N., and McIntosh, J. R. (1996) Computer visualization of three-dimensional image data using IMOD. J. Struct. Biol. 116, 71–6.

10. Mironov, A. a, and Beznoussenko, G. V (2012) Correlative light-electron microscopy a potent tool for the imaging of rare or unique cellular and tissue events and struc-tures., 1st Ed., Elsevier Inc.

11. Slayter, H. S. (2001) Transmission Electron Microscopy: Preparation of Specimens. En-cycl. Life Sci., 1–3.

12. Walker, J. M., and Kuo, J. (2014) Electron Microscopy: Methods and Protocols, Humana Press.

LABORATORUL PATOLOGIE MOLECULARA

1. Clase de gene implicate in aparitia si dezvoltarea cancerului

2. Tipuri de mutatii genice in cancer

3. Tehnici de izolare si purificare a acizilor nucleici: particularitati specifice modalitatilor de prezervare a specimenelor biologice in patologia tumorala.

4. Analiza expresiei genelor in patologia tumorala: aspecte teoretice si aplicative

5. Detectia mutatiilor genice in patologia tumorala prin tehnici clasice si de generatie urmatoare (PCR si secventiere)

Bibliografie

Genetica Medicala. Mircea Covic, Dragos Stefanescu, Eugen Sandovici – Ed. a 2-a – Iasi: Polirom, 2011, ISBN: 978-973-46-1960-3

Human Molecular genetics. Tom Strachan, Andrew P. Read – Garland Publishing, 2004, ISBN: 0-8153-4182-2

Guidelines for Molecular Analysis in Archive Tissues. Giorgio Stanta, ISBN: 978-3-642-17889-4 (Print) 978-3-642-17890-0 (Online)

Tehnologii de diagnostic genetic in practica medicala: aplicatii si relevanta. coord.: Mihail Eugen Hinescu; Aurora Arghir, Magdalena Budisteanu,... – Bucuresti: Viata Medicala, 2013, ISBN: 978-973-160-077-2

Ghid de organizare a laboratorului de imunologie. Victor Cristea, Ioana Berindan-Neagoe,... – Cluj-Napoca: Editura Medicala „Iuliu Hatieganu”, 2013, ISBN: 978-973-693-550-3

LABORATOR GENETICA MEDICALA

1. Anomalii genetice in hemato-oncologie si tulburari de neurodezvoltare – tipuri si mecanisme de producere.

2. Consecinte functionale ale anomaliilor genetice.

3. Detectarea modificarilor genetice implicate in patogeneza afectiunilor hemato-oncologice si de neurodezvoltare.

4. Tehnici de investigatie bazate pe PCR – descriere, aplicatii, interpretare. 5. Tehnici de investigatie genomica (hibridizare comparativa genomica bazata pe array,

secventiere de noua generatie) – descriere, aplicatii, analiza de date.

Bibliografie

1. Covic M., Stefanescu D., Sandovici I. – Genetica medicala, Ed. a II-a, Editura Polirom, Bucuresti, 2011.

2. Dracopoli NC, Haines JL., Korf BR, Morton CC, Rosenzweig A, Seidman CE, Seidman JG, Smith DR – Short protocols in human genetics, Editura Wiley, New Jersey, 2004.

3. Gardner R.J.M., Sutherland G.R., Shaffer L.G. - Chromosome abnormalities and genetic counseling, Ed a IV-a, Editura Oxford University Press, 2012.

4. Schena M – DNA Microarrays, Editura Scion, 2008.

5. Strachan T., Read A.P. – Human molecular genetics, Ed. a III-a, Editura Garland Sci-ence, London-New York, 2004.

LABORATOR BIOCHIMIE PROTEOMICA

Tematica CS III medic

1. Biologia moleculara a celulei – modalitati de vizualizare a celulei in microscopia optica 2. Biologia moleculara a celulei – modalitati de vizualizare a celulei in microscopia

electronica 3. Protemica in cercetare si aplicatii clinice – identificare si validare de biomarkeri prin

analiza Western blot – analiza postelectroforetica.

Bibliografie CS III medic

- Proteomica de la cercetare la clinică (capitolul 3- Metoda Western Blot. Analiza postelectroforetica) Mihail E. Hinescu, Cristiana Tănase, Monica Neagu, R. Albulescu, S. N. Constantinescu, Carolina Constantin, Emilia Manole, Ionela D. Popescu, Elena Codrici, Simona Mihai, L. Albulescu, , Editura Viața Medicală Românească, ISBN 978-973-160-075-8, 2013 - Molecular Biology of the Cell, 5th Edition (chapter 9 –Visualising cells), Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter ISBN 978-0-8153-4r05

Tematica CS III chimist

1. Protemica in cercetare si aplicatii clinice – identificare de biomarkeri prin spectrometrie de masa, in special SELDI ToF-MS

2. Evaluarea profilului proteomic in cancer prin spectrometrie de masa de tip SELDI ToF-MS

3. Aplicatii ale spectrometriei de masa SELDI ToF-MS in cancer si toxicologie

Bibliografie CS III chimist

- Proteomica de la cercetare la clinică (capitolul 6 – Spectrometrie de masa de tip SELDI ) Mihail E. Hinescu, Cristiana Tănase, Monica Neagu, R. Albulescu, S. N. Constantinescu, Carolina Constantin, Emilia Manole, Ionela D. Popescu, Elena Codrici, Simona Mihai, L. Albulescu, , Editura Viața Medicală Românească, ISBN 978-973-160-075-8, 2013 - Evaluarea profilului proteomic in cancer Spectrometrie de masa SELDI-TOF - I.D. Popescu, A.M. Enciu, R. Albulescu, M. Neagu, , Ghid procedural, Editura VIF Constanta, 2013, ISBN: 978-606-8498-32-4 - Proteomics in cancer research (chapter 8 – SELDI –TOF Applications for cancer and Toxicity Detection), Wiley, Emanuel F. Petricoin, Lance A. Liotta, ISBN 978-0-471-44475-6

Tematica CS medic

1. Protemica in cercetare si aplicatii clinice – analiza cantitativa prin metode multiplex – xMAP array

2. Evaluarea profilului proteomic în cancer prin metode de analiza multiplex– xMAP array 3. Aplicatii proteomice pentru cuantificarea de biomarkeri prin dezvoltarea de aplicatii multiplex

Bibliografie CS medic

- Proteomica de la cercetare la clinică (capitolul 5 – Tehnologia xMAP array) Mihail E. Hinescu, Cristiana Tănase, Monica Neagu, R. Albulescu, S. N. Constantinescu, Carolina Constantin, Emilia Manole, Ionela D. Popescu, Elena Codrici, Simona Mihai, L. Albulescu, Editura Viața Medicală Românească, ISBN 978-973-160-075-8, 2013

- Evaluarea profilului proteomic în cancer – Tehnologia Multiplex – xMAP array S. Mihai, L. Albulescu, E. Codrici, C. Mambet, B. Calenic, Cristiana Tanase, Coordonator Radu Albulescu, Editura VIF Constanța, ISBN:978-606-8498-31-7, 2013

- xMAP Cookbook - collection of methods and protocols for developing multiplex assays with xMAP technology – (C hapter 4 - Proteomic applications), 3rd Edition, 2013-2016

LABORATOR RADIOBIOLOGIE

1. Histologia cavitatii orale

2. Histologia glandelor salivare

3. Diagnostic salivar

4. Sisteme experimentale celulare utilizand celulele glandelor salivare

5. Noi abordari in medicina regenerativa

Bibliografie

- Ten Cate’s Oral Histology, 8th ed., Antonio Nanci, 2013, ISBN 978-0-323-07846-7

- Advances in Salivary Diagnostics, Charles F,. STreckfus (ed.), Springer, 2015, ISBN 978-3-662-45398-8

- Salivary Glands: A Powerful Experimental System to Study Cell Biology in Live Animals by Intravital Microscopy, Current Frontiers and Perspectives in Cell Biology, Prof. Stevo Najman (Ed.), Monika Sramkova, Natalie Porat-Shliom, Andrius Masedunkas, Timothy Wigand, Panomwat Amornphimoltham and Roberto Weigert, InTech, 2012, ISBN: 978-953-51-0544-2

- Stem Cell Research: medical applications and ethical controversies, Joseph Panno, ISBN 978-0-8160-8330-5

LABORATOR BIOBAZA Tematică CSIII doctor medic 1. Legislația în domeniul animalelor de laborator Legea nr 43 din 11 aprilie 2014 privind protecția animalelor utilizate în scopuri științifice Ordinul 97/2015 al Preşedintelui Autorităţii Naţionale Sanitare Veterinare şi pentru Siguranţa Alimentelor privind autorizarea biobazelor și a proiectelor ce utilizează animale în scopuri științtifice 2. Tehnici de experimentare la șoarecele de laborator Șoarecele, animal de laborator. Coman Cristin, Savi George, Cotor Gabriel. Alt Press Tour, Bucuresti 2008. 3. Model experimental de infarct miocardic la animalul de laborator (șobolan) Mihai Ionac, William C. Lineaweaver , Feng Zhang. Microchirurgie experimentală. Manual practic, Editura Orizonturi Universitare Timișoara, 2002 4. Îngrijire perioperatorie a animalului de experiență (șobolan) Mihai Ionac, William C. Lineaweaver , Feng Zhang. Microchirurgie experimentală. Manual practic, Editura Orizonturi Universitare Timișoara, 2002 5. Monitorizare postchirurgicală a animalului de experiență (șobolan) Mihai Ionac, William C. Lineaweaver , Feng Zhang. Microchirurgie experimentală. Manual practic, Editura Orizonturi Universitare Timișoara, 2002

Tematică CSIII biolog 1. Legislația în domeniul animalelor de laborator Legea nr 43 din 11 aprilie 2014 privind protecția animalelor utilizate în scopuri științifice Ordinul 97/2015 al Preşedintelui Autorităţii Naţionale Sanitare Veterinare şi pentru Siguranţa Alimentelor privind autorizarea biobazelor și a proiectelor ce utilizează animale în scopuri științtifice 2. Tehnici de experimentare la șoarecele de laborator Șoarecele, animal de laborator. Coman Cristin, Savi George, Cotor Gabriel. Alt Press Tour, Bucuresti 2008. 3. Răspunsul imun în procesele de malignizare Imunologie medicală. L.M. Popescu, A. Bancu, C. Ursaciuc, V. Cialâcu. Editura Universitară “Carol Davila”, Bucureşti, 1998 4. Celulele sistemului imun - celulele NK Introducere in imunologie. Andrei Olinescu, Mircea Panait. Editura Infomedica, București, 2004 5. Terapii celulare în cancer utilizând celule NK NK cell-based immunotherapy for malignant diseases. Min Cheng,Yongyan Chen, Weihua Xiao, Rui Sun and Zhigang Tian. Cell Mol Immunol (2013) 10, 230–252; doi:10.1038/cmi.2013.10 Tematică CS medic veterinar 1. Legislația în domeniul animalelor de laborator Legea nr 43 din 11 aprilie 2014 privind protecția animalelor utilizate în scopuri științifice Ordinul 97/2015 al Preşedintelui Autorităţii Naţionale Sanitare Veterinare şi pentru Siguranţa Alimentelor privind autorizarea biobazelor și a proiectelor ce utilizează animale în scopuri științtifice 2. Tehnici de experimentare la șoarecele de laborator Șoarecele, animal de laborator. Coman Cristin, Savi George, Cotor Gabriel. Alt Press Tour, Bucuresti 2008. 3. Biologia, reproducerea și comportamentul șoarecelui de laborator Șoarecele, animal de laborator. Coman Cristin, Savi George, Cotor Gabriel; Alt Press Tour, Bucuresti, 2008 4. Standardizare microbiologică Principles of Laboratory Animal Science, Revised edition, L.F.M. van Zutphen, V. Baumans, A.C. Beynen, Amsterdam, 2001, Elsevier 5. Aplicații generale și metode în ecocardiografia murină Ecocardiography in mice, Shumin Gao, David Ho, Dorothy E. Vatner, and Stephen F. Vatner, Curr Protoc Mouse Biol. 2011, March 1; 1:71-83