Dezinfectia sistemului canalar se realizeaza cu hipoclorit de sodiu de concentratie 5,23%. Se injecteaza cate 1ml pe minut cu o presiune medie cu un ac de irigare care se misca liber pe canal fara a se bloca. Irigatia pe fiecare canal trebuie sa se realizeze cel putin 20min pentru inactivarea microbilor existenti pe canalele radiculare.