Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... ·...

12
Prof. dr. doc. VALERIAN SEVERIN PTOf. dT. CAT,TI{A PETRUTA CORI\EA GHID PENTRU DIAGNOZA BOLILOR PLANTELOR EDITURA CERES Bucureqti,2009

Transcript of Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... ·...

Page 1: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

Prof. dr. doc. VALERIAN SEVERINPTOf. dT. CAT,TI{A PETRUTA CORI\EA

GHID PENTRU DIAGNOZA BOLILORPLANTELOR

EDITURA CERESBucureqti,2009

Page 2: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

CUPRINS

PREFATA

1. NOTIUNI GENERALE DESPRE BOLILE PLANTELOR2. METODE DE DIAGNOSTICARE A VIROZELOR ....................

2. 1. Simptomele virozelor.....2. 1. 1. Simptome foliare............

2.1.2. Simptome tulpinale

2.1.3. Simptome pe fructe

2.2. Epidemiologia virozelor.2.3. Exemple de viroze........

3. PRINCIPI GENERALE DE LUCRU CU MICROORGANISME.....3.1. Realizarea condiliilor aseptice in timpul lucrdrilor de microbiologie....................

3. 1.1. Metode de dezinfectare a incdperilor de laborator....3. 1.2. Spdlarea sticlEriei

3. 1.3. Sterilizarea gi dezinfectarea................

3. 1.3. 1. Sterilizarea prin metode fi 2ice...............

3 .2. Cultiv area microor ganismelor

3.2.1. Mediile de culhrri.......3.2.1.1. Prepararea mediilor de culturd

3 .2.1.2. Relete de medii nutritive pentru izolarea qi cultivarea microorganis-melor.............

3.2.1.3. Rolul concentraliei ionului de hidrogen (pH) in dezvoltarea micro-organismelor

3.2.1.4. Potenfialul oxidoreducf,tor al mediilor de culturf,4. TZoLAREA gI CARACTERTZAREA BACTERIILOR FrTOPATOGENE.................

4.1. lzolareabacteriilor fi topatogene...

4. 1.1 . Caracterele de culturd ale bacteriilor fitopatogene4.1.2. DeLerminarea proprietdlilor bacteriilor4.1.3. Caractereie morfo-anatomice ale celulelorbacteriene...............4.7 .4. Car acterele fi zi o1o gice ale bacteriilor.

4.2. Ev aharea cantitativd a bacteriilor ....

4.2.l. Numirarea directf, a microorganismelor totale....4.2.2. Determinarea numdrului de celule viabile............

4. 3. Antagonismul microorganismelor...........

4.4. Metode de analizd a bacteriilor qi virusurilor fitopatogene in condi{ii naturale.....4.4.1. Analiza semin{elor infectate cu bacterii4. 4.2. Inocularea artifl cial6 a plantelor ......

4.4.2. l. Inocularea plantelor cu virusuri...........4.4.2.2. Inocularea plantelor cu bacterii

J

7

15

16

17

18

19

20

22

25

25

25

32

33

JJ

40

40

43

44

62

64

66

66

68

70

76

84

r00101

103

106

107

t07108

109

11t

Page 3: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor

4.4.3. Testarea toxinelor produse de bacterii... .. I 16

4.4.3.1. Testarea siringomicinei 1l'7

4.4.4. Testarea sensibilita$i bacteriilor fa{f, de diferite bactericide """""""""""""" 117

4.4.4.1. Testarea sensibilitafli bacteriei fal6 de eritromicind " "" "" " ' 118

4.4.1.2. Rezistenla bacteriilor fa![ de lizozim...... 118

4.4.5.lzolareabacteriilor fastidioase din {esuturi infectate I 18

4.5. Diferen{ierea bacteriilor dupd genuri..... 1 18

4.5.1. Principalele caractete ale bacteriiior dinfi-un gen "" """""' 120

4.6. Simptomele bolilor produse de bacterii...... 136

4.7. Modele de bacterioze 138

5. CIUPERCILE FITOPATOGENE $I METODE DE STUDIU A ACESTORA 161

1635. 1. Fiziologia ciupercilor..........

5.2. Nutrifia ciupercilor...........,.. t64

5.3. Influenta factorilor de mediu......" 165

166

5.5. Simptomele micozelor... 16"7

5.5.1. Izolareaciupelcilorfitopatogene... 168

5.5.2. Analizaseminlelor infectate cu ciuperci...... " 170

5.6. Modele de micoze 174

5.7. Eviden{ierea gi identificarea ciupercilor fitopatogene in materialul biologic ........ 196

5.7.1. Examenul microscopic al ciupercilor.. 196

5.7.2.Lichiclefolositelamontareapreparatelorcuciuperci ""' 196

5.7.3. Colorarea ciupercilor... 19-7

5.4. inmultirea ciuperci lor....

5.7.4. Efectuarea de secliuni fine din lesutuil vegetale contaminate"'

6. ALTE METODE DE IDENTIFICARE A MICROORGANISMELOR FITOPATOGENE..

6. 1. Metode bazate pe particularit[1ile biochimice a1e microorganismelor................

6. l.l.Sistemul API ................

6. 1.2. Sistemul BIOLOG......

6. 1.3. Identificarea bactet iilor prin gaz-cromatografie " " " " "6.2. Metode de diagnozd a bacteriilor fitopatogene folosind bacterio-

198

202

202

202

205

207

209fagii..........6.3. Metode mo1eculare..... 213

6.3.1. Metode imunologice... 213

6.3.2. Metode bazate pe analiza acizilor nucleici 2l'7

6.3,2,1 . Metoda RFLP de identificare 9i caracterizale a organismelor...... '.. 2|8

6.3.2,2. Analiza electroforetica a ADN plasmidial sau cromosomal.....''...-.. 220

6.3.2.3. Analiza genomului microbian fblosind tehnologia PCR """"""' " 222

ANEXA l. REGULI DE CONDUITA Sr pnOrrCTIA MUNCII iN LagORATOR ........ . 23'7

ANEXA 2. LOGISTICA LABORATORULU DE FITOPATOLO-

GIE 239

ANEXA 3. PASTRAREA CULTURILOR DE FITOPATOGENI..."....",...... 265

ANEXA 4. UNITATI DE MASURA 268

BIBLIOGRAFIE 273

Page 4: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

CAPITOLUL 1

NOTIUNI GENERALEDESPRE BOLILE PLANTBLOR

Prin boal6 se in{elege alterarea func{iilor unei plante, peste limitele sale

normale de toleran{d qi care, de cele mai multe ori, duce la modificlri structurale.Din punct de vedere al practicii agricole, se considerd boalS orice tulburare

fiziologicd sau modificare structurald ddunltoare cregterii sau dezvoltdrii nor-male a plantelor, care dlrce la diminuarea cantitativd sau deprecierea calitativd a

produc{iei.Bolile pot fi provocate de cauze diferite: unele sunt produse de patogeni -

bolile infecfioase, altele de ac{iuni nefavorabile, abiotice - boli fiziologice.Exist5 sute de boli care pot afecta o plantd. Pentru a combate sau a preveni

o boald., este necesar in primul rAnd a cunoa$te etiologia (aitea = cauza, dinIimba greacd) acesteia, ceea ce se realizeazd prin diagnozd, opera{ie care, demulte ori, este complicat5.

Bolile plantelor pot fi clasificate dupd mai multe criterii: etiologic, simpto-matologic, durata procesului patologic, rdspdndirea teritorialf,, extinderea peplantS, planta gazdd,.

Etiologic, bolile se impart in doul grupe: boli parazitare qi neparazitare.Bolile parazitare sunt viroze produse de virusuri, bacterioze produse de bacterii,micoze produse de ciuperci, antofitoze de plante superioare. Bolile neparazitarese datoreazi deficien{elor de nutri{ie, toxicit6tii cu minerale, lipsei sau abun-den{ei de umiditate din sol, temperaturi scdzute sau ridicate, lipsei sau excesuluiluminii,lipsei oxigenului, poludrii aerului, acidit[tii sau alcalinitblii solului.

Dupd simptome, bolile pot fi putregaiul moale sau uscat ale diferitelororgane, ulceratie, ofilire, pdtarea frunzelor, rap5n, rAie, arsurS, antracnozd.,fdindre, rugin6, mand, tAciune, mdlur6, hipertrofie, nanism g. a.

Dup6 durata procesului patologic, bolile pot fi acute, cu evolulie rapidd,cum este putregaiul plantelor, apoplexia pomilor sau cronice, cum este cancerulbacterian.

Dup[ r[spdndirea teritorialS, bolile pot fi prezente intr-o zond limitatd,cum este r6ia neagr6 a cartofului (Synchytrium endobioticurz) sau rizomaniasfeclei (endemice) sau pe teritorii intinse, cum sunt ruginile sau fdindrile(pandemice).

Page 5: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor

DupI extindere pe plantl pot fi generalizate, care afecteazd intreagap1ant6, cum sunt virozele, trecheobacteriozele qi boli localizate, cum sunt celecare afecteazd unul sau mai multe organe, cum este mdlura grdului sau ciuruireafrunzelor de s0mburoase.

Dupi planta gazdd sunt bolile grdului, porumbului, sfeclei de zahdr,mdrului g.a.

Pragmatic, bolile pot fi principale sau secundare. Bolile principale se

intAlnesc aproape an de an in culturile agricole, producAnd pierderi de recolt5 gi

care impun m6suri fitosanitare, ca tlciunele zburdtor al orzului (Ustilago nuda)sau mana vilei-de-vie (Plasmopara viticola). Bolile secundare se intilnesc inculturile agricole, dar produc pierderi numai in unii ani, ca mucegaiul de ziryadda cerealelor (Microdochium nivale) sau fdinarea tomatelor (Leveillula taurica).

Bolile poten(ial plgubitoare existi in culturd dar de regulS nu producpierderi de recoltS, decdt in anumite situalii. De exemplu, cornul secarei(Claviceps purpurea) sau pdtarea albl a frunzelor de ardei (Phyllosticta capsici).

Controlul fitosanitar al culturilorUna dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor este depistarea c6t mai

devreme a apariliei unei boli (diagnostic precoce). in acest scop vor fi efectuatecontroale in cdmp, sere, solarii, rdsadni{e, depozite. Prin executarea controalelorfitosanitare se urmlresc urmStoarele :

o identificarea plantelor bolnave;o determinarea frecvenlei $i intensitAlii atacului;. stabilirea arealului patogenului:localizat, in vetre sau generalizat;r diferentele de comportare a soiurilor sau hibrizilor.

Ridicarea probelor, transportarea qi p[strarea lorPe teren pot fi notate plantele cu simptome tipice. Sunt multe boli a ciror

diagnozd, precisi nu se poate realiza decAt in laborator. De aceea este nevoie s[se ridice probe de frunze, ramuri, fructe, rdddcini sau plante intregi care sd se

transporte pini la laborator. Vor fi prelevate suficiente organe de plante pentru a

cuprinde diferite stadii de evolulie a bolii. De reguld, materialul trebuie sd fieproaspdt, pe care sd nu se fi colonizat diferite mucegaiuri care s5 alterezeadevlratele simptome. Este bine dacd se pot preleva organe cu lesut la limitainfec,tiei, deoarece aici patogenul poate fi surprins cel mai bine, in plinhactivitate. Fiecare probd va fi izolatd de o alti probd pentru a evita contamindrileincrucigate. Nu este indicati folosirea pungilor de plastic care favor\zeazdmucegdirea probelor. Mai bine sd se foloseascl ziare care datorit6 conservantuluidin tuq menfin ceva mai bine puritatea probelor, iar dacd transportul dureazd maimult, peste ziar se poate pune o folie de plastic.

^ Transportul trebuie sd se fac[ cAt mai rapid qi la temperaturd cAt mai joasb.

In laborator, dacd analiza nu se face imediat, probele vor fi p6strate in frigidersau in spafli rdcoroase qi uscate, nu mai mult de doui zile.

Page 6: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

Noliuni generale despre bolile plantelor

Probele murdare cu pemant (tuberculi, rdddcini) vor fi cur6tate pe caleuscat6, cu exceptia acelor cantri cdnd se bdnuieqte ci in plmAntul care leacoper6, se gAse$te agentul etiologic.

Examinarea macroscopici a probelorProbele vor fi vizualizate cu ochiul liber sau cu ajutorul lupei. Materialul

bolnav va fi examinat cu atenfie: aspectul, forma leziunii, culoarea, putregaiul,eventualele fructificalii ale ciupercii sau exsudatul. Pentru intensificarea simpto-melor, materialul se va a$eza in camerd umedd, alcdtuitd din orice vas (borcanacoperit, vas Petri, exicator g.a.), capitonat cu h6rtie de filtru umedl sau cu unstrat sublire de ap6. Camera cu materialul bolnav se va plstra l_3 zile latemperatura de 24-26'C, dupl care se examineazS din nou pentru apariliaeventualS a fructifica{iilor ciupercii sau a exsudatului. Pentru o determinare maicorectS vor fi consultate determinatoarele de boli ale plantelor. Determinatoarelesunt astfel alc[tuite ca sd permitd o recunoagtere cAt mai ugoard a simptomelor.Ele sunt organizate pe plante gazdd, qi prevdzute cu chei care il conduc pe cititorla boala respectivS. De exemplu, pe frunzele de porumb au aplrut pete mari,alungite, uscate, g6lbui-cenuqii. Se cautd in index pagina unde incep bolileporumbului, iar la subtitlul din cheie ,,frunze", se citesc toate simptomeledescrise. Aici descrierea se face in aqa fel inc0t scoate in evidenld nu numaisimptomele caracteristice dar gi deosebirile fafa de alte afecliuni ale frunzelor deporumb. Dintre bolile care sunt prezentate pe ,,frtnze" simptomele bolii seincadreazl la afecfiunea provocatd de ciuperca Setosphaeria turcica. Se treceapoi la descrierea detailatd a simptomelor. Pentru acele boli la care descriereasimptomelor nu este suficientd pentru diagnozS, se va recurge la cercetareapatogenului.

Examinarea microscopiciExaminarea patogenului la microscop se face prin prelevarea acestuia din

fesutul bolnav, prin seclionarea {esutului sau prin cultivarea patogenului pemedii de culturi speciale. Metodele de realizare a preparatelor microscopicedifer[ in funclie de patogen gi vor fi descrise la grupa de patogeni: bacterii sauciuperci. Examenul la microscop se poate face cu iluminare obignuitd, contrastde fazb, fond intunecat (a se vedea la anexe). Totodat[ se pot face gi micro-fotografii.

P[strarea organelor de plante bolnaveCa material didactic sau $tiinfific organele de plante bolnave vor fi p6s-

trate. Materialul lemnos se va pdstra ca atare.

Pistrarea organelor de plante in stare umediOrganele moi ca fructe, tuberculi, bulbi, uneori qi frunze, se pot pdstra in

stare umeda in borcane speciale, paralelipipedice cu capac sau cilindrice cu doprodat. Materialul pentru pdstrat se spal6 de pdmant qi alte impuritaU $i se cldtegte

Page 7: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

10 Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor

cu ap6 distilat6. Pentru pdstrarea culorii gi evitarea brunificdrii, organele se }inun timp in solufie de sulfat de cupru. Organele se scufundi intr-o solulie de 4-57o CuSO+ in apa distilatd (apa de robinet conline calciu 9i tulbura solu{ia).

Timpul de pdstrare in solulia de piatrd vdnSti vatiazd in func{ie de grosimea

orginului: frunza se fine 20-24 de ore, iar fructul sau riddcina cirnoasS se line3648 de ore. Nu trebuie plstrat mai mult deoarece se albistreqte materialul.

Apoi planta se spal[ cu apd distilatS gi se aranjeaz[ in vasul de conservare, pe

plSci de sticlS lsptoas6 cu un fir de a{[ alb5. Pldcile astfel aranjate se introduc in

vas qi peste ele se toarnd o solufie de formol 40%o in concentralie de 47o (o parte

formol qi 9 pd{i apd distilatd). Solulia trebuie sd fie limpede'

Mai sunt recomandate urmdtoarele solulii:o DupE Ainsworth: 25 ml formol 407o;150 ml alcool etilic; un litru api

distilatd.r DupS Hesler, pentru pdstrarea fructelor colorate: 50 g clorurd de zinc;

25 ml formol de 4O7o;25 m1 glicerini; un litru apd distilatd'. Dupd Drummond - GonEalves: 15 ml acid sulfuros 54Vo la un litru de

ap6; pentru fructe se mai adaug6 2-37o glicetind.

Conservarea ciupercilor mari, cu pdldrie qi colorate, se poate face in solulie

de 10 g acetat de mercur; 5 rnt acid acetic glacial; un litru apd distilat6.

Uscarea gi presarea plantelor pentru ierbarPlanta poate fi erborizatd intreagd sau pdrli din ea. Plantele se scuturi de

pdm6nt gi se intind cdt mai bine pe un strat de hdrtie absorbantd (sugativS, hArtie

de filtru, ziar), alcdtuit din 5-6 foi sau mai multe qi care alc[tuiesc o ,,saltea".

Peste aceasta se aqazl un alt strat de hArtie pe care se intind alte plante. intregul

teanc se preseazd cu o scAndurd pe care se aqazd o greutate. In primele 34 zile

saltelele se schimbd zilnic pentru evitarea mucegiirii qi se usucd. Dupi completa

usca-re a plantelor, ele se adund intr-o foaie dubl6 de hArtie 9i se eticheteazd,

inscriindu-se planta gazdd, denumirea patogenului, denumirea bolii, locul 9i data

recoltirii, persoana care arecoltat.

Evaluarea pagubelor produse de boliEvaluarea pagubelor produse de boli este deosebit de importantd, avAnd

impact asupra producdtorului, negustorului 9i consumatorului. Pagubele se

exprimi in pierderi cantitative gi calitative ale recoltei. Aceste pierderi pot fidirecte, exprimate in cantit5ti Gg/ha) qi calitative (aspectul comercial sau care

produce daune la procesare) qi pierderi indirecte (afecteazd prelul, importuri sau

exporturi). Evaluarea pagubelor presupune mai multe etape: stabilirea frecvenlei

qi intensitdlii bolii, a gradului de atac, a pragului economic de ddunare, a

gradului de d6unare in unitSfi de produclie qi acestea in pierderi binegti. Se

folosesc o serie de tehnici pentru aprecierea pagubelor, in func{ie de cultur5 9i

scopul acesteia, preten{iile destinatarului. AceastS operalie incepe cu controlul

fitosanitar al unor culturi. De la inceput trebuie aruncatd o privire de ansamblu

Page 8: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

Noliuni generale despre bolile plantelor

asupra culturii sau lanului respectiv pentru a vedea dacd atacul s-a produs invetre (focare), aqa cum este in cazul mucegaiului de zdpadd, produs deMonographelkt nivalis la cereale, sau in cazul ftzariozei plantelor de in produsdde Fusarium oxysporum.f. sp. lini. De asemenea, se observb dacd focarul estelocalizat numai intr-o parte a culturii, in vecinltatea unei alte culturi sau a uneipdduri, curs de api, depresiune care, datorit6 microclimatului, a permis dezvol-tarea mai intens[ a bolii. De asemenea se va observa dacd atacul este rdspAnditpe intreaga suprafalI a culturii. in cazul focarelor cu localizare marginale se vastabili frecven{a qi intensitatea lor, raportdndu-se apoi rezultatele la intreagasuprafald a culturii.

DacS atacul este rdspAndit ?n intreaga cultur5, mai mult sau mai pu{inuniform, cum se intAmpld cu ruginile cerealelor, tdciunii orzului, mana carlofuluisau arsura bacteriand a fasolei, se strdbate cultura fie pe o diagonalS, fie peambele diagonale ale cAmpului. Din loc in loc, la distanfe care vor fi in func{iede suprafa{a culturii, se fac sta{ionlri in care se stabileqte frecven{a plantelorbolnave gi intensitatea atacului. in unele cazuri, ca la cereale, in, fasole g. a., sepoate folosi o ramd metricd pliantl cu Iatura de 31 cm, care se aqazd pe sol iar ininteriorul acesteia se numdri plantele srndtoase gi separat cele bolnave; deasemenea, se apreciaz6 intensitatea atacului.

Frecven{a atacului (F7o) este valoarea relativd a num[rului de plante sauorgane de plante (n) raportate 1a numdrul total de plante sau organe observate(N). Frecvenla se poate aprecia in cadrul ramei metrice, a probelor sau altemoduri de observare. Datele obtinute se calculeazl prin relatia :

FVo= n'1oo

NIntensitatea atacului (I7o) reprezintd valoarea prin care se apreciazd gradul

de acoperire sau de extindere a atacului, raportAnd suprafa{a atacatd la suprafa{atotalS observatd. Existd mai multe metode de a exprima intensitatea, clutAnd sdfie exprimati cAt mai corect. in unele cazuri se folosesc sc6ri care pot avea unnum5.r diferit de clase de notare (cu 4, 5, 6-10 clase) depinzdnd atdt de preciziaevaludrii precum gi de cerintele beneficiarului acestei evalulri. in multe cazuri sefoloseqte scara cu 6 clase de intensitate de atac, corespunzdtoare unor anumiteintervale de procente de intensitate a atacului, mai strAnse la inceput gi mai largiIa urm5.

TabeLul lScara de notare a intensit5{ii atacului de boli Ia plante

S upralata atacatd, in Vo Nota intensitatii ataculuit-3

4-r0 2

t 1-25 3

26-50 451-7 5 5

76-l 00 6

11

Page 9: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

CAPITOLUL VI

ALTE METODE DE IDENTTFICAREA MICROORGANISMELOR FITOPATOGBNE

6.1. METoDE BAZATE PE PARTIcULARITAgITBIOCHIMICE ALE MICROORGANISMELOR

Identificarea bacteriilor se bazeazd pe o serie de metode, cele mai multe

vizdnd particularitdlile biochimice ale noilor izolate. Metodele biochimice

clasice sunt bine puse la punct dar sunt foarte laborioase, consumatoare de reac-

tivi qi dureazd destul de mult timp pentru oblinerea rezultatelor. O alternativila

testele biochimice clasice este reprezentatd de kit-urile comercializate de anu-

mite firme producltoare care combin6, in sisteme miniaturizate, o serie de teste

biochimice. Acesta este cazul sistemelor API 9i BIOLOG.

6.1.1. SISTEMI"]L API

Sistemul API cuprinde mai multe variante de galerii ce conlin diferite

combinalii de substraturi deshidratate, specifice pentru anumite tipuri de apli-

calii.Astfel, pentru identificarea bacteriilor Gram-negative pot fi folosite urmS-

toarele variante de galerii API:

- API 20E: asigurd identificarea speciilor de enterobacterii (galeriile sunt

specie/specifice) qi permit identificarea bacteriilor Gram-negative non-

fermentative (galeriile sunt specifice de grup/specie);

- API 20NE: permit identificarea bacteriilor Gram-negative, altele decAt

enterobacterii in 2448 ore1.

-ID 32 GN: asigura identificarea bacililor Gram-negativi in 24 ore.

Pentru identificarea bacteriilor Gram-pozitive sunl propuse mai multe

tipuri de galerii cum ar fi:API Staph: asigurd identificarea tulpinilor de stafilococi qi micrococi

cu importanlE clinic6;

- API 20 Strep: permite identificarea tulpinilor de streptococci 9i

enterococci:

Page 10: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

Sisteme moderne de identificare a microorganismelor

Fig. 6.1 . Galerie API 20E neinoculati

- API Coryne: permite identificarea in 24 ore a tulpinilor de Coryne-bacterium gi a altor organisme coryne-like;

- API Listeria: sunt folosite pentru identificarea, in 24 ore, a speciilor deListeria,'

-API CBH: utilizate pentru identificarea bacililorin afara bacteriilor, sistemul API poate fi folosit pentru identificarea

drojdiilor: de exemplu, galeriile API 20C AUX qi ID 32 C.

Unul dintre cele mai utilizate tipuri de galerii API este API 20E careregrupeazd. 23 teste biochimice pe o unicl galerie de godeuri ce conlinsubstraturi deshidratate care, dupd inocularea cu o culturl purl de bacterii Gram-negative qi incubarea timp de 24 ore la 30"C reac{ioneazd specific, modifi-cdndu-gi culoarea. Modul in care au loc reacliile respective este notat pe o figdrezultAnd un cod de identificare format din 7 cifre care, introdus intr-o bazd dedate permite identificarea bacterii lor examinate.

De exemplu, pentru identificarea tulpinilor de Erwinia amylovora, agentulpatogen al focului bacterian al rozaceelor, se pot utiliza galeriile API 20E(fig. 6.1).

Pentru inoculare se ulilizeazd o culturS purd de 18-24 ore, oblinutd pemediu agarizat, din care se realizeazd 5ml suspensie ce confin aproximativ 108

bacterii/ml (standard McFarland nr. 5), suspensia fiind fdcutd in NaCl 0,857o,pH 5,5-7,0 (fig.6.2).

Suspensia trebuie sd fie utilizatd, ?n mod obligatoriu, in maximum 15

minute dupd, realizare. Omogenizarea suspensiei se face prin vortexare timp de5-10 secunde. Din suspensia omogen[ rezrltatd se utrlizeazd, cate 150 pl cu carese inoculeazi fiecare godeu din galerie. Pentru godeurile CIT,VP gi GEL se maiadaugl 150p1, iar dupd inoculare, in cazul godeurilor ADH, LDC, ODC, H2S gi

URE se adaugf, ulei mineral. Pentru impiedicarea deshidratdrii in timpulincubdrii, in suportul pe care se pune galeria se adaugd apd gi se acoperd cu uncapac de plastic. Dupd incubarea timp de 24 ore la 30"C se examineazd. galerllleiar rezultatele se trec intr-o fiqi speciald.

Notaliile de la nivelul fiqei de identificare API 20E au urmdtoarelesemnificafii: ONPG = determinarea prezen(ei enzimei B-galactozidaza; ADH =transformarea argininei de citre arginin-deshidrataza; LDC = transformarealizinei de cdtre lizin-decarboxilaza; ODC = transformarea ornitinei de cdtre

203

Page 11: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

204 Ghid pentru diagnoza boLilor plantelor

Colonie izolrtd

5 mL apd

distilatd sterilS

Culturd purd pe mediu nutritiv

Fig. 6.2. Pregf,tirea probelor pentru analiza API

ornitin-decarboxilaza; CIT = utilizarea citratului ca unic[ sursA de carbon; H2S

= producerea de hidrogen sulfurat pornind de la tiosulfat; URE = eliberarea de

amoniac din uree, datorit[ producerii de ureaz6; TDA = formarea de acid

indolilpiruvic pomind de la triptofan (datoritd triptofan-deaminazei); I\n=formarea indolului pornind de la triptofan; VP = fornarea acetoinei pornind de

la piruvatul de sodiu; GEL = lichefierea gelatinei; GLU (glucozd, MAN(manozd),INO (inositol), SOR (solbitol), RF{A (ramnozd) SAC (sucroz6), MEL(melobiozS), AMY (amigdalinn), ARA (L-arabinozi) = formarea de acid

pomind de la glucidul men.tionat (tabelul6.1).

ile API2OE

Tabeltt 6.1

rezultatelor ce se ne cu A

NotatiaReactie Comentarii

Pozitivd NesativiONPG Galben Incolor Uneori se obline o tentA gAlbuie,

care insf, trebuie interpretatA ca

reactie nesativf,

ADH Rosu sau orange Galben

LDC Rosu sau orange Galben

ODC Rosu sau orange Galben

CIT Turcoaz sau bleu intens Verde pal sau galben Citirea rezultatului se face inpartea superioar[ a godeului (in

aerobiozi)

Page 12: Ghid pentru diagnoza bolilor plantelor - cdn4.libris.ro pentru diagnoza bolilor plantelor... · Controlul fitosanitar al culturilor Una dintre condiliile plstrdrii s6ndtdfii plantelor

Sisteme moderne de identificare a microorganismelor 205

Tabelul 6. 1 (continuare)

NotatiaReactie

ComentariiPozitivd Negativd

HrS Deoozit nesru Liosa deoozituluiURE Rogu sau oranj Galben

TDA Brun-rogu Galben Se adaugd o picdturf, de clolura defer ll%o. Rezultatul se cxumi-neazI imediat.

IND Inel rogu Galhen Se adaug[ o piciturd de reactivKovac iar citirea rezuitatului se

face la 2 min.VP Roz inchis sau ro;u Incolor sau roz pal Se adaugd o picEturd de KOH

407o Ei apoi o pic[turd de solu{ieo naltol 67o. Rezultatul se cileqtedupa 10 min.

GEL Difuzia pigmentului Nici o difuziune,incolor

Repartizarea particulelor solidede-a lungul godeului trebuie sd fieconsideratd ca reactie nesativ6.

GLUMANINOSORRHASACMELAMYARA

galben Bleu sau bleu-verzui Fermenta{ia glucidelor incepe inpartea inferioarf, a godeului, incondifii de anaerobioza. Reacfiiletrebuie citite pomind de la bazagodeului spre partea sa superi-oarf,. O culoarea galbeni de fbndindicd o reac!ie pozitivf,.

GLI] Producerea de gaz Prezen{a bulelor la nivelul godeu-lui GLU ar indica reducereanitratilor la N"

Reducereanitratilor

Prezenla NO2 (rogu)

Prezen!a bulelor gi

a unei coloraJii galbene(dupd addugareareactivului cu zinc)

Galben

Orange dupdaddugarea reactivuluicu zinc

Se adaug[ 2 picdturi de acidsulfanilic 0,87o 9i 2 picituli deNN-dimetil-alfanaftilamind 0.5 7o.

Rezultatul se citegte dup[ 2-3minute.Se confirml dacd reactia esl"e

negativd prin adf,ugarea de pudrlde zinc. Rezultatul se cite$te dupA3-4 minute.

Testele efectuate asupra unor tulpini variate de Erwinia amylovora aueviden{iat cd principalele coduri de identificare a acestei specii sunt 0005522 gi

0007522. Pe baza acestor coduri, utilizAnd baza de date furnizatd de producdtorse identificd specia examinatd.

6. 1.2. SISTEMIiL BIOLOG

Acest sistem de identificare a microorganismelor este o variantd maisofisticatd a sistemului API mentionat anterior, care se bazeazd pe utilizareaunor micropldci cu 96 godeuri ce contin o gam[ variatd de surse de carbon (95