UMF “Carol Davila” – Informatică Medicală şi

UMF “Carol Davila” – Informatică Medicală şi Biostatistică MG - Lucrări practice 2009

- 91 -

Lucrarea practică 8 Indicaţii generale: Publicarea informaţiilor ştiinţifice se face, în mod tradiţional, în articole din reviste

specializate, imprimate pe hârtie. Veţi explora regulile care trebuie respectate atunci când încercaţi publicarea „clasică”. Va trebui să respectaţi aceste reguli în editarea ca document a proiectului de Informatică medicală şi/sau Biostatistică pe care-l veţi încheia la sfârşitul semestrului.

În decursul acestei lucrări practice veţi încerca publicarea în Internet a unei lucrări de tip articol ştiinţific, dar după ce îl veţi realiza ca document clasic, conform cerinţelor de publicare într-o revistă medicală. (Nu veţi reuşi însă publicarea în Internet – de fapt în World Wide Web – din cauza inexistenţei unui server web pe calculatorul pe care lucraţi!)

Veţi lua cunoştinţă de organizarea logică a unui articol medical publicabil standard, precum şi de un mod de a cita alte articole/cărţi publicate. Veţi exersa controlul tabelelor şi al casetelor-text inserate.

În această lucrare practică:

a) veţi redacta complet un articol ştiinţific;

b) îl veţi transforma în document hipertext, publicabil în Internet;

c) veţi exersa controlul tabelelor în documente;

d) vă veţi explica metode „robuste” de estimare a centrului datelor numerice (în strânsă legătură cu cursurile de biostatistică elementară).

Teme

33: paginarea unui articol

34: publicarea în Internet

35: crearea unei note de evaluare

36: mediana şi estimarea centrului Softul ce va fi utilizat în lucrarea practică: Word, Internet Explorer, Excel

MG - Lucrări practice 2009 UMF “Carol Davila” – Informatică Medicală şi Biostatistică

- 92 -

Tema 33: paginarea unui articol. Vom presupune vreţi să publicaţi un articol ştiinţific (în colaborare cu alţi autori). Acesta are următoarele componente:

a) titlul, b) autorii, c) sumarul, d) lista cuvintelor-cheie, e) textul propriu-zis, f) bibliografia. Pregătiţi un fişier-document (denumit) nume_ARTICOL.DOC ce va avea drept

conţinut articolul ştiinţific. (Atenţie, nu tastaţi extensia, ci ALEGEŢI tipul corect!) Prima operaţiune, atunci când doriţi publicarea întro revistă, este să vă informaţi

asupra condiţiilor de publicare. Editurile oferă machete (templates), sub formă de fişiere .DOT, care pot fi descărcate. De asemenea, editurile oferă indicaţii pentru autori, de regulă pe una dintre ultimele pagini ale revistei. Aceste indicaţii trebuie înţelese şi respectate întocmai, altfel la repaginare softul va determina modificări total inestetice!

Înainte de a începe, trebuie să înţelegem faptul că în tipografie sunt acceptate mai multe unităţi de măsură pentru lungimi, iar alegerea unităţii corecte este esenţială. Să presupunem că aceasta este centimetrul. Pentru a fixa „centimetrul” ca unitate de măsură, se poate acţiona în tableta General a casetei de dialog Opţiuni, mai precis în lista derulantă Unităţi de măsură. Caseta de dialog Opţiuni va fi obţinută prin alegerea comenzii Opţiuni din meniul Instrumente. (Chiar dacă a fost ales ca unitate centimetrul, în unele comenzi – de exemplu pentru spaţierea pe verticală a paragrafelor – se foloseşte conform tradiţiei punctul tipografic.)

Ar trebui să acţionaţi şi în tableta Corectare ortografică şi gramaticală, activând opţiunile Verificarea ortografiei în timpul tastării şi Întotdeauna se sugerează corecţii. Alegeţi apoi opţiunea Română (România) din caseta de dialog ce se obţine în urma selectării comenzii Instrumente→Limbă→Stabilire limbă.

Veţi pregăti „oglinda paginii de hârtie”. O foaie de hârtie standard (de format A4 în Europa) are dimensiunile de 21 × 29.7 cm. Paginile ei nu sunt folosite integral. Atât in partea de sus, cât şi în partea de jos şi lateral (stânga/dreapta sau interior/exterior) sunt lăsate margini albe.

Să stabilim dimensiunile „textului” la 15 × 23.5 cm. Pentru marginile laterale va rămâne un spaţiu de 6 cm lăţime, pe care-l repartizăm echitabil în două benzi verticale de lăţime 3 cm fiecare. Pentru marginile sus/jos rămâne un spaţiu de 29.7 – 23.5 = 6.2 cm. Vom fixa marginea de sus la 3 cm, iar cea de jos la 3.2 cm.

Atenţie, atât antetul, cât şi subsolul se află în afara textului propriu-zis!

„Lăţimea” antetului se fixează prin stabilirea distanţei între muchiile de sus ale foii şi antetului. O distanţă de 2 cm va determina astfel o lăţime a antetului de 1 cm. Analog, o distanţă de 2.2 cm între muchiile de jos ale foii şi subsolului va determina o lăţime a subsolului de 1 cm.

sus antet

(textul)

subsol jos


- 93 -

Folosind comanda Fişier→Iniţializare pagină veţi avea acces la o casetă de dialog cu mai multe tablete. În primul rând, veţi activa opţiunea Margini în oglindă. Apoi veţi fixa marginile „în oglindă” exterioară şi interioară la 3 cm, marginea de sus la 3 cm şi cea de jos de 3.2 cm. Asiguraţi-vă că dimensiunea hârtiei este A4.

Există diverse machete de realizare a unui asemenea articol ştiinţific. Veţi adopta cea pentru publicare în BMJ (British Medical Journal).

a) Titlul Studiu statistic cu privire la scurtele consilieri pe care le primesc bolnavii în timpul spitalizării pentru infarct miocardic acut sau pentru intervenţia chirurgicală de tip by-pass, pentru a-i ajuta să renunţe la fumat

va fi realizat cu fontul Times New Roman, litere aldine (îngroşate) de mărime 14 puncte tipografice, într-un singur paragraf, aliniat la stânga, fără indentare, cu 6 puncte tipografice spaţiu dedesubt. (Nu-l încadraţi în chenar!)

Deschideţi caseta-listă a stilurilor (o găsiţi pe bara instrumentelor, de regulă alături de caseta-listă a fonturilor). Încercaţi diverse stiluri „titlu” sau „header”, s-ar putea să fie pregătit deja unul corespunzător.

b) Autorii (atenţie, vor fi aranjaţi în ordine alfabetică) Peter Hasek, Tamara Z Taylor, Peter Mills, d-voastră

vor fi plasaţi pe un paragraf nou, aliniat la stânga, cu litere din acelaşi font (Times New Roman), însă obişnuite, de mărime 10 p.t. Acest paragraf va avea dedesubt un spaţiu alb de 12 p.t.

c) Sumarul (rezumatul) va fi realizat cu litere de mărime 11 p.t., în mai multe paragrafe, aliniate la stânga, toate indentate cu 1 cm şi la stânga şi la dreapta. Conţinutul va fi următorul (completaţi concluziile):

Rezumat Obiectiv Evaluarea unei consilieri în scopul renunţării la fumat. Model Studiu statistic care compară calitatea îngrijirilor medicale uzuale cu

serviciile de consiliere prestate de asistentele din spital. Loc de desfăşurare Secţii cu paturi în 17 spitale din Anglia. Participanţi 540 fumători spitalizaţi în urma unui infarct miocardic. Consilierea Sfaturi sumare şi pliante standard. Pacienţii au fost invitaţi să semneze

angajamente de renunţare la fumat. Principalele valori determinate Menţinerea abstinenţei la şase săptămâni şi la 12

luni, determinată prin teste biochimice. Rezultate După şase săptămâni de urmărire, 151 (59%) şi 159 (60%) dintre

pacienţi au rămas abstinenţi în grupul de control şi, respectiv, în grupul de intervenţie. După 12 luni, rezultatele erau 102 (41%) şi 94 (37%). Probabilitatea de a rămâne abstinenţi a fost aproape dublă la pacienţii care au primit declaraţia de angajament faţă de cei care nu au primit-o (p < 0.01).

Concluzii Este posibil ca şedinţele de consiliere, de scurtă durată, să nu fie suficient de …

d) Componenta „cuvinte-cheie” va fi realizată în aceleaşi condiţii ca şi rezumatul, dar separată de acesta printrun spaţiu de 12 p.t..

Cuvinte cheie: infarct miocardic acut, by-pass, fumat


- 94 -

e) Textul propriu-zis al articolului va fi realizat pe două coloane (de lăţimi egale, cu spaţiu alb de 0.5 cm între ele). Fixarea numărului de coloane poate fi făcută în cadrul unei secţiuni separate; de aceea va fi necesar să creăm o secţiune nouă, comandând

Inserare→Intrerupere→Continuu Urmăriţi bara de stare, pe care se indică nu numai pagina, ci şi secţiunea în care se

află cursorul de editare („punctul de inserare”). Asiguraţi-vă că este în „Secţiunea 2”. Introduceţi (cu litere de mărime 12 p.t.) textul:

Introducere Oprirea fumatului după un infarct

miocardic acut se asociază unei scăderi semnificative a mortalităţii şi morbidităţii.1

Mai multe studii au examinat eficienţa măsurilor de sprijinire a pacienţilor cardiaci de a renunţa la fumat şi s-a constatat că rezultatele au fost moderate până la bune.2

Metode Participanţi – Studiul s-a

desfăşurat în 17 spitale din Anglia. S-a făcut screeningul pentru selectarea pacienţilor internaţi după un infarct miocardic sau pentru o intervenţie chirurgicală de tip by-pass coronarian. Au fost invitaţi să ia parte în studiu doar pacienţii care aveau o stare de sănătate suficient de stabilă pentru a beneficia de consiliere, nu prezentau tulburări grave ale memoriei, aveau vârste sub 76 de ani, doreau cu adevărat să renunţe la fumat.

Caracteristicile de bază ale pacienţilor selectaţi sunt prezentate în tabelul următor:

(Litere aldine şi spaţiu 6 p.t. dedesubt)

(Citaţia bibliografică „1” de la sfârşit este realizată folosind Format→Font→ Exponent. Nu trebuie confundată cu nota de subsol, pentru care se va folosi comanda Inserare→Notă de subsol)

(La fel citaţia „2”)

(Litere aldine şi spaţiu 6 p.t. deasupra şi dedesubt)

(Folosiţi Tabel→Inserare Tabel, cu 3 coloane şi 9 (!) linii. Iniţial coloanele au aceeaşi lăţime, dar veţi lărgi imediat prima coloană în detrimentul celorlalte. Controlaţi chenarul!)

Control (n = 266)

Intervenţie (n = 274)

Bărbaţi 207 210 Vârsta medie în ani (Deviaţia standard) 56 (10.1) 55 (10.3) Infarct miocardic 253 252 Timpul mediu de la internare până la operaţie în zile (DS) 4.6 (3.4) 4.9 (4.6) Număr mediu de ţigări pe zi (DS) 21.1(11.4) 22.6 (13.0) Au renunţat la fumat înaintea internării în spital 68 75 Consideră fumatul un factor agravant al stării de sănătate 231 233


Este destul de dificil ca tabelul să fie forţat să se încadreze într-o coloană. Este de preferat ca să fie plasat într-o casetă text, a cărei poziţie pe pagină să fie modificată independent. Exploraţi comanda Tabel→AutoFit→AutoFit to Contents.

Controlul casetei text este asigurat prin caseta de dialog Formatare casetă text, la care puteţi face apel cu un clic pe butonul DIN DREAPTA al mausului, având indicatorul mausului poziţionat DEASUPRA CONTURULUI casetei.

Caseta de dialog Formatare casetă text

Observaţi cu atenţie parametrii pe care-i puteţi controla în fiecare tabletă a acestei

casete de dialog extrem de complexă. Observaţi că mediile din tabel sunt însoţite de deviaţia standard. În lucrările practice

viitoare veţi învăţa cum se pot calcula mediile şi deviaţiile standard ale datelor numerice. Continuaţi introducerea textului:

Proceduri – Asistentele specializate în reabilitare cardiacă au recrutat pe secţii pacienţii eligibili. Participanţii au semnat formulare de consimţământ şi au fost repartizaţi aleator în grupuri de control sau de intervenţie.

Determinarea rezultatelor – Participanţii au fost consideraţi abstinenţi permanenţi dacă au raportat că, de la data recrutării în studiu, nu au fumat mai mult de cinci ţigări. De asemenea, era nevoie să prezinte un nivel de monoxid de carbon expirat < 10 ppm şi, la 12 luni, o concentraţie salivară de cotinină < 20 ng/ml.

Analizarea datelor – S-a evaluat efectul discuţiilor prin teste χ2, intervale de încredere 95% şi regresii logistice multiple pentru a verifica posibila influenţă a factorilor de distorsiune.

(În lucrările practice viitoare veţi învăţa cum se pot aplica testele statistice de semnifi-caţie şi ce înseamnă regresia.)

Continuaţi introducerea textului, completând cele mai importante două capitole, cel de „Rezultate”, apoi cel de „Discuţii”:

- 95 -


- 96 -

Rezultate … Discuţii …

(atenţie, validarea lucrării practice este condiţionată de completarea celor două capitole!) şi încheind cu bibliografia, care va fi realizată cu litere de corp 10 (mărime 10 p.t.). Atenţie la punctuaţia de separare: titlu periodic, an apariţie; volum: de la pagina-la pagina. Adăugaţi o a treia citaţie bibliografică (care să se refere la o lucrare al cărei autor sunteţi – inventată, evident), citând-o în capitolul „Rezultate” sau în capitolul „Discuţii”.

Bibliografie 1 Wilson K, Gibson N, Aillan A, Cook D.

Effect of smoking cessation on mortality after myocardial infarction: meta-analysis of cohort studies. Arch Intern Med 2000; 160: 939-944.

2 Rigotti NA, McKool KM. Predictors of smoking cessation after coronary artery bypass graft surgery. Results of a randomized trial with 5-years follow-up. Ann Intern Med 1994; 120: 287-293

Tema 34: publicarea în Internet. Publicarea articolului în Internet este deosebit de

facilă, în următoarele condiţii: a) existenţa unui calculator legat la Internet, având o adresă IP „fixă” sau o denumire

(adresă „literală”) înregistrată. În memoria „permanentă” a sa va fi depus „articolul”; b) existenţa pe acest calculator a unui web-server. Acesta este un program (soft) care

preia comenzile date de diverşi clienţi web (programe de navigare cum este Internet Explorer) şi le răspunde corespunzător.

Este necesară şi transformarea articolului în forma unui fişier hipertext, acesta din urmă putând fi apelat prin intermediul legăturilor (anchors) din interiorul altor fişiere hipertext.

Această transformare este asigurată de către Word, prin simpla operaţiune de „salvare”. Înainte de a cere transformarea, imaginaţi-vă ce se întâmplă cu un utilizator Internet care caută să ajungă la fişierul d-voastră prin intermediul unui motor de căutare. Motoarele de căutare indexează documentele „publicate” în Internet în primul rând după cuvintele-cheie relevante; de aceea este recomandabil ca autorii să le precizeze ei înşişi. Comandaţi:

Fişier→Proprietăţi şi completaţi caseta-text Cuv. cheie cu ceea ce consideraţi că este suficient de relevant privind conţinutul articolului, apoi comandaţi

Fişier→Salvare ca şi asiguraţi-vă că alegeţi tipul fişierului „Pagină Web”. Veţi observa apariţia fişierului denumit nume_ARTICOL1.HTM (care poate fi însoţit şi de un dosar denumit nume_ARTICOL1.files). Observaţi iconiţa ce-i reprezintă tipul; ea vă indică faptul că îl puteţi „citi” cu Internet Explorer.

(De fapt, în mod obişnuit anumite extensii de fişierelor sunt „legate”, de către sistemul de operare, de câte o aplicaţie: doc cu Word, htm cu Internet Explorer.)


Deschideţi fişierul nume_ARTICOL1.HTM folosind navigatorul Internet Explorer apoi, cu comanda Vizualizare→Sursă HTML, exploraţi-i conţinutul. Identificaţi locul în care este înregistrat autorul documentului. (Folosiţi eventual comanda Editare/Edit→Găsire/Find.) Acesta nu ar trebui să fie „s2” sau „stud2”!

Tema 35: crearea unei note de evaluare. Creaţi cu Word un document denumit

nume_EVAL.DOC cu conţinutul ASEMĂNĂTOR celui din chenarul următor. Încercaţi să respectaţi alinierea paragrafelor. Însă informaţiile despre videoproiectoare vor fi înlocuite cu informaţii despre ecografe.

SE APROBĂ,

ORDONATOR DE CREDITE

NOTĂ DE EVALUARE

Nr.crt. Firma prod. Tipul Preţ estimat (lei) 1 Benq Videoproiector PE7800 5010 2 Videoproiector LV-7255 4936 - 5180 3

CANON Videoproiector LV-7240 4590 - 5394

4 TOSHIBA Videoproiector TDP-T91 5263 - 5545 Termen de livrare: 31 martie 2009

Tema 36: mediana şi estimarea centrului. Dacă pentru estimarea „centrului”

(parametrului) μ a unei populaţii normale , pe baza datelor ),(N 2σμ

nxxx ,...,, 21

pe care le-am obţinut dintr-un eşantion, folosim mediana Me în locul mediei aritmetice m, atunci avem următoarele:

μ=)(MeE (ceea ce înseamnă că estimatorul „mediană” este nedeplasat),

)(57.157.1)(2

mVarNsMeVar ⋅=⋅=

ceea ce înseamnă că estimatorul Me este cu 57% mai puţin eficient decât estimatorul m. Acesta este motivul principal pentru care folosim cu precădere, în estimaţii, media aritmetică şi nu mediana.

Dar dacă, după obţinerea mediei m şi medianei Me vom calcula

22Memm +

= ,

ce vom putea spune despre ca estimator al lui μ? Avem 2m

μ=+

=2

)()()( 2MeEmEmE (deci şi acesta este nedeplasat),

- 97 -


Ns

Ns

NsmVar

222

2 28.157.141)( ⋅=⎟

⎟⎠

⎞⎜⎜⎝

⎛⋅+=

aşadar este intermediar ca eficienţă între media m şi mediană, cu 28% mai puţin eficient decât media aritmetică.

2m

Creaţi documentul nume_MEDIANA.doc cu următorul conţinut: Dorim să estimăm, cât mai eficace, centrul unei populaţii folosind, bineînţeles, un

eşantion. Ar fi de dorit oare să calculăm media de eşantion, ceea ce ar însemna efectuarea multor adunări? Sau poate determinarea medianei, după reordonarea datelor, ar fi mai eficace?

Este imperios necesar să ne fie cât se poate de clar ce trebuie să înţelegem prin cuvântul „eficace”. Prin acest cuvânt am putea înţelege, de exemplu, timp scurt de efectuare a calculelor. Dar azi, în epoca calculatoarelor, rapiditatea calculelor nu mai constituie o problemă; rămâne doar să luăm în considerare opinia statisticianului privind „precizia” rezultatelor.

Am văzut anterior că „precizie mare” înseamnă de fapt „varianţă scăzută”. Dacă ştim că populaţia noastră este normală, de exemplu distribuită , atunci media de ),(N 2σμeşantion este cu 57% mai „eficace” (mai eficientă) decât mediana. (Cu alte cuvinte, pentru a obţine aceeaşi precizie, eşantionul din care obţinem mediana ar trebui să aibă cu 57% mai mulţi indivizi decât cel din care calculăm media.)

Această preferinţă pentru medie s-ar putea să nu mai fie justificată în caz că populaţia nu este distribuită normal. În figura următoare este reprezentată o distribuţie cu „cozi mai groase” decât normala.

Încercaţi realizarea cu Excel a diagramei. (Indicaţie: aţi putea folosi funcţiile

NORMSDIST şi TDIST.) Continuaţi completarea textului documentului cu următoarele: Indivizii ce fac parte din aceste „cozi” au şanse mai mari să fie selectaţi în eşantion

(decât în cazul normalei), iar depărtarea lor faţă de „centru” face ca ei să contribuie mai mult la calculul mediei. Iar indivizii „aberant” de depărtaţi vor exercita un „efect de pârghie” (leverage effect) mult prea serios asupra mediei, şi vor face ca să nu mai avem încredere în media de eşantion ca estimator al centrului. Dimpotrivă, pentru a obţine mediana, se iau în considerare foarte puţini indivizi ai eşantionului (doar unul sau doi), în nici un caz cei aberanţi, nici măcar cei depărtaţi.

Neîncrederea pe care o avem în mediană, ca estimator al centrului, provine tocmai din acest număr extrem de mic de indivizi care se iau în consideraţie.

- 98 -


Un compromis între medie şi mediană, des utilizat, constă în luarea în considerare a mediei jumătăţii centrale a indivizilor din eşantion. Cu alte cuvinte, după îndepărtarea a câte unui sfert dintre indivizii de la fiecare extremitate, vom calcula media celor rămaşi. În acest fel indivizii aberanţi vor fi eliminaţi cu siguranţă, de asemenea cei depărtaţi.

O altă soluţie, uşor de implementat în programele de calculator, constă în înlocuirea mediei de eşantion cu o medie ponderată de eşantion. Ponderea a fiecărei valori x se )(xwcalculează, cu o formulă convenabilă, în funcţie de depărtarea valorii x faţă de „centrul” estimat.

Preluaţi în document, prin inserare, figura pe care o găsiţi în fişierul

MG_LP08_1.JPG şi completaţi apoi cu următorul text: De exemplu, în figura de mai sus este reprezentată funcţia Hamming de ponderare:

altfel.11pentru

0)cos(46.054.0

)(≤≤−

⎩⎨⎧ ⋅+

=xx

xwπ

În aplicarea ei putem lua drept centru 0 fie media de eşantion (în care caz valoarea 1 corespunde abaterii standard de eşantion), fie mediana (în care caz valoarea 2 corespunde intervalului inter-cuartile).

Estimarea centrului se va face apoi prin statistica

∑∑

)()(

i

ii

xwxxw

.

Folosirea calculatorului face posibilă obţinerea de estimări „robuste” – cum este media ponderată – care oferă garanţii de eficienţă chiar în prezenţa unor valori aberante sau a altor situaţii complicate.

Înainte de a încheia activitatea, transferaţi toate fişierele create (eventual şi dosarul

nume_ARTICOL1.files) în căminul d-voastră (evident, în dosarul LP08, pe care ar fi trebuit să creaţi anterior).

Notă. Probabil că în operaţiunile de creare de documente nu aţi respectat destul de multe reguli gramaticale. Corectaţi erorile ÎNAINTE de transferul fişierelor. Puteţi corecta cu uşurinţă greşelile. De exemplu:

- 99 -


- 100 -

1) cu comanda Înlocuire cu din meniul Editare veţi putea, în trei etape, să vă asiguraţi că după fiecare punct sau virgulă va fi introdus un spaţiu alb. Veţi declara că înlocuiţi peste tot caracterul „.” cu „. ”, apoi caracterul „,” cu „, ”, iar apoi perechea de blancuri „ ” cu un singur blanc;

2) cu clic-dreapta deasupra cuvintelor subliniate cu roşu veţi putea alege din lista celor propuse pentru înlocuire. (Aceasta presupune însă să aveţi activate opţiunile de auto-corecţie!)

Întrebări 1. Care sunt principalele componente ale unui articol ştiinţific? Comparaţi macheta

prezentată în cadrul acestei lucrări practice cu macheta cerută de o revistă medicală românească!

2. Care este diferenţa între medie şi mediană? Ce alţi indicatori statistici mai cunoaşteţi?

UMF “Carol Davila” – Informatică Medicală şi

Documents

Transcript of UMF “Carol Davila” – Informatică Medicală şi