Cea mai important instituie care i-a propus s reuneasc Bisericile la nivelul Europei a fost Conferina Bisericilor Europene (CBE), reprezentnd Bisericile cretine din Europa (ortodox, anglican, protestant, unele confesiuni catolice), exceptnd Biserica Romano-Catolic.CBE a fost fondat la Nyborg (1959), n Danemarca, n cadrul unei ntlniri la care au participat 61 de delegai, reprezentnd 52 de Biserici din Europa de Vest i de Est. ncepnd cu 1964, la adunrile CBE particip i observatori catolici. n momentul de fa, CBE se constituie din 126 de Biserici Ortodoxe, protestante i catolice, precum i 43 de organizaii asociate, avndu-i sediul n toate rile continentului european.Schimbrile politice de dup 1989 au oferit CBE posibilitatea adaptrii la noua situaie. Astfel, cea de-a unsprezecea Adunare a acestei organizaii a aprobat fuziunea cu Comisia Ecumenic European pentru Biseric i Societate (CEEBS), fuziune devenit efectiv n 1999. A aprut astfel un nou organism, i anume Comisia Biseric i Societate a CBE, cu birouri la Bruxelles i Strasbourg. Aceast Comisie urmrete, n principal, implicarea Bisericilor n procesul de integrare european, monitorizarea instituiilor i organizaiilor europene sau internaionale (Uniunea European, Consiliul Europei, OSCE, ONU) n privina atitudinilor adoptate fa de Biseric i religie n general, ca i meninerea unor contacte regulate cu aceste organizaii sau instituii, n numele CBE i al Bisericilor membre ale CBE.n septembrie 2007, CBE i CCEE (Consiliul Conferinelor Episcopale din Europa) au organizat la Sibiu cea de-a treia Adunare Ecumenic European. Documentul final adoptat pune un accent deosebit pe comuniunea (koinonia) cretinilor n Europa, care acioneaz n unitate, subliniind ns totodat c aceast unitate de aciune nu trebuie confundat cu uniformitatea. Potrivit aceluiai document, este nevoie de un dialog susinut, evitndu-se punerea accentului pe divizarea Bisericilor existente n Europa de astzi i subliniindu-se, ntre altele, iniiativele comune n domeniul social i diaconal, ca i sprijinul acordat vieii ntr-o societate care trebuie bazat pe valorile religios-morale cretine.Dac la nceput dialogul Bisericilor cu instituiile Uniunii Europene era unul indirect, prin intermediul organizaiilor inter-confesionale (CBE) sau altor organizaii, n ultima vreme n schimb s-a trecut la instituionalizarea acestui tip de dialog, prin reprezentarea direct a Bisericilor la Bruxelles, respectiv prin oficii proprii. Aceast tendin a fost ncurajat i de noua viziune a Comisiei Europene de a organiza dialogul cu aceste Biserici potrivit logicii forumului. nfiinarea unui oficiu permanent la Bruxelles a fost perceput de ctre Biserici ca un mijloc de aciune defensiv. Procednd astfel, Bisericile au acionat reactiv i nu proactiv, asemenea tuturor celorlalte birouri de reprezentare a gruprilor de interese de pe lng instituiile Uniunii Europene. Prima Biseric care i-a stabilit un astfel de oficiu la Bruxelles a fost Biserica Evanghelic din Germania (EKD), urmat de unele Biserici Ortodoxe, cum ar fi Patriarhia Ecumenic, Biserica Ortodox a Greciei, Biserica Ortodox Rus i Biserica Ortodox Romn. Biserica Romano-Catolic dialogheaz cu Uniunea European doar indirect, prin intermediul Comisiei Episcopatelor din Comunitatea European (COMECE) i Consiliul Conferinelor Episcopale din Europa (CCEE).Nu toate aceste oficii dispun de resurse echivalente, dup cum tot la fel nu toate exercit aceeai influen asupra lurii deciziilor de ctre instituiile Uniunii Europene. Unele astfel de oficii influeneaz luarea deciziilor de ctre aceste instituii nc din momentul introducerii pe agend a unei teme, n vreme ce altele se rezum la a participa la consultri cu instituiile Uniunii Europene doar dup ce o tem a fost pus pe agend.Primul Birou permanent din partea Bisericii Ortodoxe deschis la Bruxelles (1995) a fost acela al Patriarhiei Ecumenice. El este condus n prezent de mitropolitul Emmanuel Adamakis i de Athenagoras Peckstadt, Episcop-Vicar al Arhiepiscopiei Belgiei a Patriarhiei Ecumenice. Biroul este interesat, ntre altele, de crearea unei Comisii Europene a Bisericilor Ortodoxe din Europa, dup modelul utilizat n prezent de Biserica Catolic. Un pas n direcia constituirii acestei Comisii este ca toate Bisericile Ortodoxe din Europa s i aib reprezentate interesele la Bruxelles.n edina sa din 3 martie 2000, Sfntul Sinod al BOR a hotrt s aprobe n principiu nfiinarea unei reprezentane a Bisericii Ortodoxe Romne pe lng structurile europene, urmnd a fi delegat un reprezentant al BOR acreditat pe lng Uniunea European i Consiliul Europei. ntre argumentele invocate ulterior n favoarea acestui demers a fost i acela c, din 2007, odat cu integrarea Romniei n Uniunea European, comunitatea ortodox din Romnia va depi numeric orice alt asemenea grupare confesional din statele membre (vezi Teodor Baconsky, Un proiect util, Dilema veche, 56, 11-17 februarie 2005).Imediat dup intrarea n vigoare a noului Statut al BOR, n februarie 2008, IPS Mitropolit Nifon, Arhiepiscopul Trgovitei, a fost numit Exarh Patriarhal pentru relaiile cu instituiile Uniunii Europene, iar IPS Mitropolit Iosif, Arhiepiscop al Europei Occidentale, este Directorul Reprezentanei BOR la Bruxelles. Reprezentana BOR editeaz un buletin, EuRoOrthodox, inclusiv n versiune electronic. Printre aciunile organizate de Reprezentan pn n prezent se numr participarea IPS Mitropolit Nifon la ntlnirea organizat de Jos Manuel Barroso, preedintele Comisiei Europene, Janez Jansa, prim-ministrul Sloveniei (ar care a deinut n prima parte a anului 2008 Preedinia Consiliului UE), i Hans-Gert Pttering, preedintele Parlamentului European, cu 21 de lideri religioi din Europa, reprezentnd Bisericile cretine, iudaismul i islamul, reuniune anual iniiat pentru prima dat n 2005 de actualul preedinte al Comisiei Europene. Tot la fel, n iulie 2008, Reprezentana BOR a realizat o vizit a cultelor din Romnia la principalele instituii ale Uniunii Europene, respectiv Comisie, Consiliu i Parlamentul European.