nomenclatura mutatii

8/2/2019 nomenclatura mutatii

1/31

Ghid de nomenclatur

genicGuidelines for Human Gene NomenclatureHester M. Wain, Elspeth A. Bruford, et al

HUGO Gene Nomenclature Committee,

http://www.idealibrary.com


2/31

Intoducere

Gena segm. ADN ce contribuie la un anumitfenotip/funcie Funcie necunoscut gena se caracterizeaz prin

secven, transcriere sau omologieLocus punct genomial, identificat cu ajutorulunui marker, ce poate fi localizat

Nu corespunde neaprat unei gene

Regiune cromozomial regiune genomicasociat cu un anumit fenotip/sindrom Ex ANCR


3/31

Nomenclatura genic

1. Fiecare simbol genic trebuie s fie unic.2. Simbolurile reprezint abrevieri sau prescurtri

ale genei.

3. Simbolurile vor conine numai litere latine icifre arabice4. Nu se folosesc semne de punctuaie.5. Nici un simbol nu se va termina cu litera G de

la gene.6. Simbolurile nu vor conine referine la o anumit

specie, de exemplu- H/h ptr human.


4/31

Nomenclatura genic

Caracterul iniial va fi ntotdeauna o liter

Toate caracterele se scriu n aceiai linie

Se evit referirile la: Specifictatea tisular

Greutatea molecular

Localizarea cromozomial


5/31

Exemple

Gene implicate n boli monogenice ex. BBS1"Bardet-Biedl syndrome 1".

Gene neidentificate-asociate cu un marker-

implicate n BMF ex. IDDM6"insulin-dependent diabetes mellitus 6Segm. ADN clonate cu funcie descris -COX8"cytochrome c oxidase subunit VIII".

Pseudogenes ex. IL9RP1 "interleukin 9receptor pseudogene 1".


6/31

Exemple

Gene codificate pe catena opus antisens-suprapus pe o gen cunoscut ex. IGF2AS"insulin-like growth factor 2, antisense".Segmente funcionale ADN transcrise dar

netranslatate ex. XIST "X (inactive)-specifictranscript".Gene deduse din aspectul fenotipic celular ex.LOH18CR1 "loss of heterozygosity, 18,chromosomal region 1Gene cu funcie necunoscut dar care prezintsecvene similare ex.FAM7A1 "family withsequence similarity 7, member A1" etc.


7/31

Caracter /simbol Semnificaie

AS antisense

AP Protein asociat

BP Protein de legare

C catalitic

FAM Familie de gene cu secv similare

N sau IN inhibitor

L like

LOH Pierderea heterozigozitiiMT sau M mitocondrial

OS Catena opus

P pseudogen


8/31

Simboluri genice n publicaii

Se scriu cu majuscule i italice genele ialelele

Se precizeaz:(mRNA)RP1

(gDNA) RP1

(cDNA) RP1

Fonturi standard - simbolurile ptr proteine


9/31

Segmentele ADN

Simbolurile pot fi obinute din baze de date(Genome Database)Sunt alctuite din 5 pri ex DXS9877E

1.

D ptr ADN2. 0,1,2, ...X,Y, XY -ptr cromozomi

0 segm cr. necunoscutXY reg pseudoautozomal

3. S -secv unice, Z secv repetitive pe acelaicromozom sau F familii de gene

4. Numr unic5. E- pentru secv exprimate


10/31

Notarea mutaiilor genice


11/31

Scurt istoric i surse bibliografice

Prima ncercare, primele articole publicateBeaudet AL i Tsui LCrespectiv Beutler E 1993

Consens actual - den Dunnen i Antonarakis: Mutation nomenclatureextensions and suggestions to describe complex mutations: a

discussion. Human Mutation 2000:15: 7-12http://www.hgvs.org/mutnomen/

Discuii, mbuntiri continue a recomandrilor curenteSugestiile sunt bine-venite la:

J.T.den_Dunnen @ LUMC.nl

Stylianos.Antonarakis @ medecine.unige.ch
http://www.hgvs.org/mutnomen/http://www.hgvs.org/mutnomen/


12/31

Mutaie i polimorfism

Definiii inechivoce, noiuni diferit interpretate: polimorfism

Modificare care nu cauzeaz boal sauO modificare care se ntlnete cu o frecven de 1%

n populaie mutaie

Modificare cauzatoare de boal sauOrice modificare

Pentru a preveni confuzia, se recomand folosirea unor termenineutri: "sequence variantvariant de secven "allelic variantvariant alelic


13/31

Principii fundamentale

Se recomand descrirea variantelor la nivel bazal, deci la nivel de ADN

Descrierea trebuie s se bazeze pe o secven de referin de ADNgenomic sau codant (RefSeq database)

Se vor folosi numai simbolurile oficiale acceptate de HGCN

Detaliile modificrii trebuie precedate de simbolul nivelului descris: "c."pentru secvena de ADN codant (de ex.: c.76A>T) "g.pentru secvena genomic (de ex.: g.476A>T) "m."pentru secvene mitocondriale (de ex.: m.8993T>C) "r."pentru secvena de ARN (de ex.: r.76a>u) "p."pentru secvene proteice (de ex.: p.Lys76Asn)


14/31

Pentru a evita confuziile, descrierile variantelor la nivel de ADN, ARN iproteine sunt unice:

ADN: notarea nucleotidelor cu majusculeNumrul primului nucleotid modificatSimbolul mutaieiDe ex. c.76A>T or g.476A>T

RNA: notarea nucleotidelor cu litere miciNumrul primului nucleotid modificatSimbolul mutaieiDe ex. r.76a>u

Protein: notarea aminoacizilor cu simboluri de trei literencepnd cu o majuscul

Numrul poziiei aminoacidului modificat

Simbolul mutaieiAminoacidul modificatDe ex. Pro12Ala


15/31

Numerotarea nucleotidelorADN codant:

Exoni:

Nu exist nucelotid 0Nucleotidul 1 codific A din codonul START

Introni:La nceputul intronului, jumtatea situat in amonte:

numrul ultimului nucleotid din exonul precedent urmat de semnul + i poziia nintroni al nucleotidului descris

De ex.: c.77+1GLa sfritul intronului, jumtatea situat n aval:

numrul primului nucleotid al exonului urmtor, urmat de un semn minus i poziian aval n intron al nucleotidului descris

De ex.: c.78-1G

Secvene genice netranscrise:Nucleotidele situate nainte de codonul START, n amonte de secvena codant captul 5

sunt numerotate ncepnd cu primul nucleotid situat cel mai aproape i folosindsemnul - (-1, -2, etc.)

Nucleotidele situate dup codonul STOP, n aval de secvena codant captul 3' sunt numerotate ncepnd cu primul nucleotid situat cel mai aproape i semnul *

(*1, *2, etc.)


16/31

Numerotarea nucleotidelorADN genomic:

Numerotarea nucleotidelor este arbitrar

Se ncepe cu 1 la nivelul primului nucleotid

din secvena din baza de date de referin,care trebuie s includ toate nucelotideledin secvena genic inclusiv promotorul lacaptul 5'

Nu se folosesc semnele + sau -


17/31

Intervalul de nucleotide afectate este separat desemnul _(ntre primul i ultimul nucleotid modificat)

De ex.: c.76_78delACT

Dac nu se cunoate poziia exact a modificrii,intervalul presupus este citat n paranteze

De ex.: c.(67_70)insG


18/31

Substituii:

Se folosete semnul >

Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. poziia nucleotidului susbtituit3. simbolul nucelotidului substituit

4. semnul >5. simbolul nucleotidului nou

Ex.

c.76A>C c.-14G>C

c.88+1G>T

c.89-2A>C

c.*46T>A


19/31

Deleii

Se folosete prescurtarea "del"

Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. Primul nucleotid pierdut

3. Semnul _ pentru notarea intervalului4. Ultimul nucleotid pierdut5. Prescurtarea del6. Eventual se poate aduga secvena nucleotidic pierdut

Exemple:

c.76_78del (c.76_78delACT)

c.88-?_923+?

c.(?_-30)_(*220_?)del


20/31

Duplicaii

Se folosete prescurtarea "dup"

Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. Primul nucleotid duplicat3. Semnul _ pentru notarea intervalului4. Ultimul nucleotid duplicat5. Prescurtarea dup6. Eventual se poate descrie secvena nucleotidic duplicat sau

numrul nucleotidelor duplicate

Exemple: c.77_79dup (sau c.77_79dupCTG sau c.77_79dup3)

c.5dupT (sau c.5dup)

c.(?_-30)_(*220_?)dup


21/31

Inserii

Se folosete prescurtarea ins"

Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. Primul nucleotid inserat

3. Semnul _ pentru notarea intervalului4. Ultimul nucleotid inserat5. Prescurtarea ins6. Eventual se poate aduga i secvena nucleotidic inserat sau

numrul nucleotidelor inserate

Exemple:

c.76_77insT


22/31

Del + Ins(indels)

Se folosete prescurtrile delins"

Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea

2. Poziia primului nucleotid nlocuit prin deleie respectiv inserie3. Semnul _ pentru notarea intervalului deleiei4. Poziia ultimului nucleotid nlocuit prin deleie respectiv inserie5. Prescurtarea delins6. Nucleotidele inserate

Exemple:

c.112_117delinsTG (c.112_117delAGGTCAinsTG)


23/31

Inversii

Se folosete prescurtarea inv"

Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. Poziia primului nucleotid din secvena inversat3. Semnul _ pentru notarea intervalului4. Poziia ultimului nucleotid din secvena inversat5. Prescurtarea inv6. Eventual se poate aduga lungimea secvenei inversate

Exemplu:

c.203_506inv (sau 203_506inv304)


24/31

Variabilitatea secvenelor repetitive:

Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer

descrierea2. Poziia primului nucleotid din secvena repetitiv3. Unitatea secvenei nucleotidice repetate4. n parantez rotund intervalul valorii repetiiilor cu celedou valori limit separate de semnul _

De exemplu:

c.123+74TG(3_6)


25/31

Alte variante:

Conversii: con

Descrierea translocaiilor la nivel molecular descrierea citogenetic urmat de descrierea poziiei

punctelor de ruptur conform unei secvene de referin(Genbank, EMBL, DDJB)

De exemplu:t(X;4)(p21.2;q35)(c.857+101_857+102)


26/31

Mai multe variante la aceeai persoan:

Dou secvene modificate n alele diferite enumerare nparanteze drepte diferite separate de semnul + De ex.: c.[76A>C]+[87delG]

Dou secvene modificate n aceeai alel enumerare

ntr-o singur parantez i separare cu semnul ; De ex: c.[76A>C; 83G>C]

Mozaicism enumerare ntr-o singur parantez iseparare cu semnul , c.[=, 83G>C]


27/31

Descrierea mutaiilor la nivel de protein

(secven de aminoacizi)

Se folosete prescurtarea "p." pentru indicarea nivelului descris (p- protein)

Se prefer utilizarea simbolurilor cu trei litere, prima liter fiind notat cumajuscule

X se folosete pentru notarea codonilor STOP

Numerotarea aminoacizilorindicarea poziiei variaiei: Primul aminoacid (Met) se numeroteaz cu +1 Secvena proteic se refer la produsul primar al translaiei Aminoacizii aprui n urma unor modificri care determin traducerea unor

secvene suplimentare n amonte se indic cu semnul (de ex. Gln-2,Thr-1) Aminoacizii rezultai din traducerea unor secvene intronice se indic cu

semnul + sau - n funcie de poziia exonului apropiat (de ex. Val4+1,Phe5-2)

Aminoacizii aprui n urma unor modificri care determin traducerea unorsecvene suplimentare n aval prin pierderea codonului STOP se indic cu

semnul * (de ex. Gln*1, Ser*2)

One letter Three letterAmino acid Possible codons


28/31

code codeAmino acid Possible codons

A Ala Alanine GCA, GCC, GCG, GCT

B Asx Asparagine or Aspartic acid AAC, AAT, GAC, GAT

C Cys Cysteine TGC, TGT

D Asp Aspartic acid GAC, GAT

E Glu Glutamic acid GAA, GAG

F Phe Phenylalanine TTC, TTT

G Gly Glycine GGA, GGC, GGG, GGT

H His Histidine CAC, CAT

I Ile Isoleucine ATA, ATC, ATT

K Lys Lysine AAA, AAG

L Leu Leucine CTA, CTC, CTG, CTT, TTA, TTG

M Met Methionine ATG

N Asn Asparagine AAC, AAT

P Pro Proline CCA, CCC, CCG, CCT

Q Gln Glutamine CAA, CAG

R Arg Arginine AGA, AGG, CGA, CGC, CGG, CGT

S Ser Serine AGC, AGT, TCA, TCC, TCG, TCT

T Thr Threonine ACA, ACC, ACG, ACT

V Val Valine GTA, GTC, GTG, GTT

W Trp Tryptophan TGG

X X stop codon TAA, TAG, TGA

Y Tyr Tyrosine TAC, TAT

Z Glx Glutamine or Glutamic acid CAA, CAG, GAA, GAG


29/31

Substituii: Mutaii cu sens greit : de ex. p.Trp26Cys Mutaii non-sens: p.Trp26X

Deleii: p.Lys2del

p.Cys28_Met30del

Duplicaii: p.GLy4_Gln6dup

Inserii p.Lys2_Met3insGlnSerLys

Variabilitatea secvenelor repetitive scurte p.Gln6(3_6)


30/31

Mutaii cu decalarea cadrului de citire(frame-shift )

Se folosete prescurtarea fsOrdinea descrierii modificrii:

1. p.2. Simbolul primului aminoacid care s-a modificat3. Poziia primului aminoacid modificat4. Fs

De exemplu:p.Arg97fs

Sause folosete versiunea "fsX(cu notarea poziiei noului codon STOP)Ordinea descrierii modificrii:

1. p.

2. Simbolul primului aminoacid vechi modificat3. Poziia primului aminoacid modificat4. Simbolul primului aminoacid nou5. fs6. X (codon STOP)7. Poziia codonului STOP

De exemplu:p.Arg97GlyfsX16


31/31

Mai multe variante la aceeai persoan:

Dou variante diferite pentru acelai locus - descrierea celor doualele n dou paranteze separate: [...] + [...]

p.[Ala25Thr]+[=]

p.[Ala25Thr]+[Ala25Thr]

p.[Ala25Thr]+[?]

Dou variante n aceeai alel descrierea celor dou variante naceeai parantez: [... ; ...]

p.[Ala25Thr;Gly28Val]

nomenclatura mutatii

Documents

Transcript of nomenclatura mutatii